2 月 1 日，浙江省疾控中心上線自動化的全基因組分析平臺，這一平臺由浙江省疾控中心聯(lián)合達(dá)摩院和杰毅生物聯(lián)合研發(fā)。
借助阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法，原來數(shù)小時的疑似病例基因分析縮短至半小時，加上杰毅生物技術(shù)的新型檢測設(shè)備，大幅縮短疑似患者確診時間。
達(dá)摩院介紹，這一平臺還能有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢，并精準(zhǔn)檢測出可能存在的病毒變異情況，為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)提供支撐。
在抗擊新型冠狀病毒緊要關(guān)頭，這樣的AI突破，對于有效提升疑似病例確診效率，及時阻斷病毒的傳播，必然會有極大助益。
最新數(shù)據(jù)，截至 2 月 1 日 24 時，國家衛(wèi)生健康委收到 31 個省(自治區(qū)、直轄市)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)累計報告確診病例 14380 例，疑似病例有 19544 例。
快速、精確診斷武漢新型冠狀病毒(2019-nCoV)，對于疫情傳播控制來說，顯得尤其重要。
目前，全國大多數(shù)醫(yī)院普遍采用核酸檢測來確診患者是否患有新型冠狀病毒肺炎。
雖然背后的方法已經(jīng)相對成熟完善，但仍舊需要很長的時間。
果殼此前發(fā)布的文章對整個過程分析之后稱：從病人樣本送到實驗室即刻開始測試到出檢測報告差不多也需要 8 個小時。
加上新冠狀病毒傳染性較強(qiáng)，開展核酸檢測對于實驗室、設(shè)備、人員也都有相應(yīng)要求。
因此，新型冠狀病毒核酸檢測一開始只能在湖北省疾控中心進(jìn)行，而且核酸檢測試劑盒生產(chǎn)較少，就出現(xiàn)了疑似患者確診困難，得不到及時救治的狀況。
雖然現(xiàn)在能夠進(jìn)行新冠狀病毒核酸檢測的醫(yī)院和機(jī)構(gòu)增多，而且核酸檢測試劑盒產(chǎn)量逐步跟上，疑似患者確診困難狀況得到緩解。
但仍舊是依靠人肉來推動，效率并沒有得到提高，所以依舊有大量疑似患者存在。
而且，當(dāng)前采用的核酸檢測方法， 也有不足之處。
根據(jù)各個機(jī)構(gòu)公布的數(shù)據(jù)，新型冠狀病毒全基因組序列全長29847bp，是基因組序列最長的病毒之一。
達(dá)摩院算法專家顧斐博士介紹稱，核酸檢測方法只能檢測到病毒基因的局部。
“由于病毒存在變異的可能性，對于整個基因序列來說，這種檢測方法猶如盲人摸象。一旦病毒發(fā)生變異，就可能出現(xiàn)漏檢的情況，”他說。
因此，在嚴(yán)峻的抗疫形式面前，仍舊需要一種效率更高的病毒檢測方法。
浙江省疾控中心上線的全新檢測平臺，不僅使用了更先進(jìn)的檢測儀器，還有達(dá)摩院的算法發(fā)揮作用，而且?guī)砹饲袑嵉男Ч?/p>
浙江省的自動化全基因組檢測分析平臺采用的是不同于核酸檢測方法的全基因組檢測技術(shù)，是對疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對。
達(dá)摩院介紹稱，這屬于高通量測序，可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能。
應(yīng)用在新型冠狀病毒中，可以有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。雖然能力很強(qiáng)，但它也有缺陷。最直接的不足就是其前處理和數(shù)據(jù)分析都非常費(fèi)時費(fèi)力。
但在AI算法的加持下，這些問題也都得到了克服。
根據(jù)官方信息，這一平臺主要由浙江省疾控中心、阿里巴巴達(dá)摩院、杰毅生物共同研發(fā)。杰毅生物開發(fā)了全自動高通量測序建庫儀，把整體常規(guī)人工需要 12 小時的工作縮短到 2 個小時。
每次測序過程產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，則交由達(dá)摩院的算法進(jìn)行分析。
顧斐介紹稱，在序列比對過程中，他們對算法增加了分布式設(shè)計，病毒基因分析的速度由數(shù)小時縮短到半小時，從而大幅提高疑似病例的確診速度。
在病毒的拼接階段，他們也采用了分布式設(shè)計的de Bruijn圖算法，將病毒拼接的速度由 30 分鐘- 1 小時縮短到15- 30 分鐘。
不僅只有速度的提升，還有質(zhì)量的提高。達(dá)摩院表示，這能夠幫醫(yī)護(hù)人員檢測到病毒全貌，就算變異的病毒也能精準(zhǔn)檢測，大幅提升確診效率。
怎么評價這一平臺?目前，這個平臺已經(jīng)上線，浙江省疾控中心也給出了評論。
“這個平臺基于阿里云的強(qiáng)大算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐，”其基因測序負(fù)責(zé)人孫逸博士說：“基于這個平臺，未來還可以在短時間內(nèi)將檢測范圍覆蓋整個確診病例，也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅實基礎(chǔ)。”
據(jù)介紹，平臺將會在全省應(yīng)用。達(dá)摩院也說，他們也正在努力與合作伙伴共同將這套系統(tǒng)推廣至全國。
科技公司如何能夠貢獻(xiàn)一份力量?達(dá)摩院的做法可以作為一個參考：讓自身技術(shù)能力在抗疫第一線發(fā)揮作用。
并深入到一線，與浙江省疾控中心、杰毅生物共同打造自動化全基因組檢測分析平臺，于是才有了病毒基因分析速度由數(shù)小時縮短到半小時的直接產(chǎn)出。
除此之外，達(dá)摩院的并沒有就此停下腳步。
所以，雖然疫情突至，誰也沒能預(yù)料。
但現(xiàn)在，技術(shù)的力量正在成為抗擊疫情的新驅(qū)動發(fā)動機(jī)。
2 月 1 日，浙江省疾控中心上線自動化的全基因組分析平臺，這一平臺由浙江省疾控中心聯(lián)合達(dá)摩院和杰毅生物聯(lián)合研發(fā)。
借助阿里達(dá)摩院研發(fā)的AI算法，原來數(shù)小時的疑似病例基因分析縮短至半小時，加上杰毅生物技術(shù)的新型檢測設(shè)備，大幅縮短疑似患者確診時間。
達(dá)摩院介紹，這一平臺還能有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢，并精準(zhǔn)檢測出可能存在的病毒變異情況，為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)提供支撐。
在抗擊新型冠狀病毒緊要關(guān)頭，這樣的AI突破，對于有效提升疑似病例確診效率，及時阻斷病毒的傳播，必然會有極大助益。
最新數(shù)據(jù)，截至 2 月 1 日 24 時，國家衛(wèi)生健康委收到 31 個省(自治區(qū)、直轄市)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)累計報告確診病例 14380 例，疑似病例有 19544 例。
快速、精確診斷武漢新型冠狀病毒(2019-nCoV)，對于疫情傳播控制來說，顯得尤其重要。
目前，全國大多數(shù)醫(yī)院普遍采用核酸檢測來確診患者是否患有新型冠狀病毒肺炎。
雖然背后的方法已經(jīng)相對成熟完善，但仍舊需要很長的時間。
果殼此前發(fā)布的文章對整個過程分析之后稱：從病人樣本送到實驗室即刻開始測試到出檢測報告差不多也需要 8 個小時。
加上新冠狀病毒傳染性較強(qiáng)，開展核酸檢測對于實驗室、設(shè)備、人員也都有相應(yīng)要求。
因此，新型冠狀病毒核酸檢測一開始只能在湖北省疾控中心進(jìn)行，而且核酸檢測試劑盒生產(chǎn)較少，就出現(xiàn)了疑似患者確診困難，得不到及時救治的狀況。
雖然現(xiàn)在能夠進(jìn)行新冠狀病毒核酸檢測的醫(yī)院和機(jī)構(gòu)增多，而且核酸檢測試劑盒產(chǎn)量逐步跟上，疑似患者確診困難狀況得到緩解。
但仍舊是依靠人肉來推動，效率并沒有得到提高，所以依舊有大量疑似患者存在。
而且，當(dāng)前采用的核酸檢測方法， 也有不足之處。
根據(jù)各個機(jī)構(gòu)公布的數(shù)據(jù)，新型冠狀病毒全基因組序列全長29847bp，是基因組序列最長的病毒之一。
達(dá)摩院算法專家顧斐博士介紹稱，核酸檢測方法只能檢測到病毒基因的局部。
“由于病毒存在變異的可能性，對于整個基因序列來說，這種檢測方法猶如盲人摸象。一旦病毒發(fā)生變異，就可能出現(xiàn)漏檢的情況，”他說。
因此，在嚴(yán)峻的抗疫形式面前，仍舊需要一種效率更高的病毒檢測方法。
浙江省疾控中心上線的全新檢測平臺，不僅使用了更先進(jìn)的檢測儀器，還有達(dá)摩院的算法發(fā)揮作用，而且?guī)砹饲袑嵉男Ч?/p>
浙江省的自動化全基因組檢測分析平臺采用的是不同于核酸檢測方法的全基因組檢測技術(shù)，是對疑似病例的病毒樣本進(jìn)行全基因組序列分析比對。
達(dá)摩院介紹稱，這屬于高通量測序，可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能。
應(yīng)用在新型冠狀病毒中，可以有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。雖然能力很強(qiáng)，但它也有缺陷。最直接的不足就是其前處理和數(shù)據(jù)分析都非常費(fèi)時費(fèi)力。
但在AI算法的加持下，這些問題也都得到了克服。
根據(jù)官方信息，這一平臺主要由浙江省疾控中心、阿里巴巴達(dá)摩院、杰毅生物共同研發(fā)。杰毅生物開發(fā)了全自動高通量測序建庫儀，把整體常規(guī)人工需要 12 小時的工作縮短到 2 個小時。
每次測序過程產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，則交由達(dá)摩院的算法進(jìn)行分析。
顧斐介紹稱，在序列比對過程中，他們對算法增加了分布式設(shè)計，病毒基因分析的速度由數(shù)小時縮短到半小時，從而大幅提高疑似病例的確診速度。
在病毒的拼接階段，他們也采用了分布式設(shè)計的de Bruijn圖算法，將病毒拼接的速度由 30 分鐘- 1 小時縮短到15- 30 分鐘。
不僅只有速度的提升，還有質(zhì)量的提高。達(dá)摩院表示，這能夠幫醫(yī)護(hù)人員檢測到病毒全貌，就算變異的病毒也能精準(zhǔn)檢測，大幅提升確診效率。
怎么評價這一平臺?目前，這個平臺已經(jīng)上線，浙江省疾控中心也給出了評論。
“這個平臺基于阿里云的強(qiáng)大算力與達(dá)摩院新算法可以為病毒的解析提供支撐，”其基因測序負(fù)責(zé)人孫逸博士說：“基于這個平臺，未來還可以在短時間內(nèi)將檢測范圍覆蓋整個確診病例，也為后續(xù)疫苗與藥物研發(fā)打下了堅實基礎(chǔ)。”
據(jù)介紹，平臺將會在全省應(yīng)用。達(dá)摩院也說，他們也正在努力與合作伙伴共同將這套系統(tǒng)推廣至全國。
科技公司如何能夠貢獻(xiàn)一份力量?達(dá)摩院的做法可以作為一個參考：讓自身技術(shù)能力在抗疫第一線發(fā)揮作用。
并深入到一線，與浙江省疾控中心、杰毅生物共同打造自動化全基因組檢測分析平臺，于是才有了病毒基因分析速度由數(shù)小時縮短到半小時的直接產(chǎn)出。
除此之外，達(dá)摩院的并沒有就此停下腳步。
所以，雖然疫情突至，誰也沒能預(yù)料。
但現(xiàn)在，技術(shù)的力量正在成為抗擊疫情的新驅(qū)動發(fā)動機(jī)。
